Cenote Esmeralda är en naturlig pärla belägen i Bacalarlagunen. Dess namn kommer från dess karakteristiska intensiva smaragdgröna färg, ett resultat av blandningen av mineraler och underjordiska vattenströmmar som uppstår i detta område. Det är en punkt med stort djup som skapar en överraskande kontrast till det turkosa vattnet som omger den. Under båtturerna görs ett stopp för att beundra dess skönhet och lära sig om dess ekologiska betydelse, eftersom det är här en av källorna som matar lagunen ligger. Av säkerhets- och bevarandeåtgärder är det dock inte tillåtet att bada på denna plats. Besöket är begränsat till att observera den från båten.

Cocalitos Cenote, känd som "Stromatoliternas helgedom", är en av Bacalars mest symboliska naturpärlor. Dess grunda, kristallklara vatten möjliggör närobservation av dessa uråldriga formationer, som anses vara de äldsta levande organismerna på planeten. På grund av deras bräcklighet och för att bevara detta unika ekosystem är simning förbjuden i de områden där stromatoliterna finns. Av denna anledning är Cocalitos ett stopp att beundra från båten under båtturer i Laguna de los Siete Colores, utan möjlighet att gå ut i vattnet i det specifika området. Denna åtgärd syftar till att skydda och bevara denna naturskatt för kommande generationer.

Bara några meter från Cocalitos Cenote stannar båtturer vid ett grunt, kristallklart område i Bacalar-lagunen, perfekt för bad och avkoppling. Denna badplats utmärker sig för sitt grunda vatten, sandbotten och den karakteristiska turkosa färgen som gett Laguna de los Siete Colores sitt namn. Det är en säker och perfekt plats att dyka, flyta eller helt enkelt njuta av landskapet. Till skillnad från andra djupare eller mer känsliga platser är simning tillåten här, vilket gör det till ett av de mest efterlängtade ögonblicken på turen.

Bird Island är en liten ö belägen i Bacalarlagunen, känd för att vara ett naturligt fristad där olika fågelarter lever och häckar, såsom hägrar, rosenröd skedstorkar och skarvar. Dess täta vegetation och lugn gör det till en viktig plats för fågelskådning och begrundan av det lokala ekosystemet. Under båtturer görs ett stopp framför ön för att beundra den från båten, eftersom landstigning och bad av naturvårdsskäl inte är tillåtna i detta område. Det är ett skyddat område som framhäver Bacalars naturliga rikedom.

Piratkanalen är en av de mest ikoniska destinationerna i Bacalar, Quintana Roo. Denna naturliga kanal förbinder Bacalarlagunen med Hondofloden och har fått sitt namn från berättelserna om pirater som under kolonialtiden använde denna väg för att plundra regionen. Under båtturer navigerar besökarna genom kanalen, vilket gör att de kan uppskatta det kristallklara turkosa vattnet och sandbotten. Väl framme görs ett stopp där gästerna får gå av båten för att simma och njuta av omgivningarna. Det grunda vattnet och den milda strömmen gör detta till en idealisk plats att koppla av.