Den heliga Agnes är en mycket känd och vördad romersk martyr: det finns goda skäl att tro att hon var martyr under Decius eller Valerianus tid, även om vissa anser att hon föll offer för Diocletianus förföljelser.
Hon dog när hon bara var 12 år gammal: Påven Damasus hänvisar till en påle som helgonet skulle ha kastat sig i. Efter sin martyrdöd placerades den lilla Agnes kropp i en hypogeum som ägdes av hennes familj, till vänster om Via Nomentana, där det redan fanns en ytlig nekropol med enskilda gravar och mausoleer.
Från denna ursprungliga hypogeum, med införandet av den vördade graven, kommer ett stort nätverk av katakomber snart att utvecklas under jord.
En av dessa plattor är förmodligen den som för närvarande finns utställd i entrétrappan i Honorianbasilikan och som föreställer en ung flicka i bedjande ställning mellan två paneler med geometriska motiv.
Påven Damasusalso ingrep mot Agnes grav: den inskription han tillägnade martyren finns nu i trappuppgången.
Den djupa hängivenhet som romarna under århundradena visade den unga martyren bidrog till att hennes helgedom förskönades med en rad byggnader på ytan.
På kort avstånd från martyrens vördade gravplats, kanske i en kejserlig egendom, byggdes en basilika i form av en romersk cirkus med ett atrium på uppdrag av Konstantin (eller Constance), dotter till kejsar Konstantin och en stor tillbedjare av Agnes.
Honorius I lät bygga den nuvarande basilikan på Via Nomentana, som ligger delvis under jord och nås via den majestätiska trappan; interiören, som föregås av en narthex, har tre skepp, över vilka ett kvinnogalleri löper.
Mosaiken i absiden är ett fantastiskt vittnesbörd om tidig medeltida romersk mosaikkonst: den föreställer Agnes mellan påven Honorius, som håller en modell av kyrkan i sin hand, och, troligen, påven Symmachus.