Leonardos mästerverk, den sista måltiden, ett av världens största målade mästerverk, upptar slutväggen till det tidigare refteriet från det 1500-talsdomenikanska klostret. Målat av Leonardo mellan 1495 och 1498 skildrar apostlarna som satt tillsammans med Jesus när Jesus meddelade att en av dem skulle förråda honom. Lärjungarnas känslor framträder från deras gester, rörelser och ansikten och kontrasterar med Kristi uppenbara orörlighet som dominerar centrum för en rigymsymmetrisk komposition i perfekt perspektiv. Målningen var mirakulöst orörd av bombningarna i augusti 1943 som skadade det närliggande klostret och en del av kyrkan.