Vädret spelar stor roll när du planerar en resa till Ambatomilo, och de billigare alternativen hittar du ofta under perioder då vädret inte är lika bra. De varmaste månaderna är vanligtvis december och januari, med en medeltemperatur på 28 °C. De kallaste månaderna är juli och augusti, då medeltemperaturen är 24 °C. Den årliga nederbörden i Ambatomilo är i genomsnitt 742 mm.