Vädret spelar stor roll när du planerar en resa till Anjajavy, och mer prisvärda alternativ går ofta att hitta under perioder då vädret inte är lika fint. De varmaste månaderna är vanligtvis oktober och november, med en medeltemperatur på 27 °C. De kallaste månaderna är juli och augusti, då medeltemperaturen är 25 °C. De blötaste månaderna i Anjajavy är januari, februari, mars och december, med en genomsnittlig nederbörd på 474 mm per månad.