Att planera för vädret är viktigt för att göra din vistelse i Bacalar så minnesvärd som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis maj och augusti, med en medeltemperatur på 27 °C. De kallaste månaderna är januari och december, då medeltemperaturen är 24 °C. De blötaste månaderna i Bacalar är juni, september, oktober och augusti, med en genomsnittlig nederbörd på 204 mm per månad.