Att planera för vädret är viktigt för att göra din vistelse i Beppu så lyckad som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis augusti och juli, med en medeltemperatur på 23 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är 6 °C. De blötaste månaderna i Beppu är juni, juli, september och augusti, med en genomsnittlig nederbörd på 275 mm per månad.