Att planera för vädret är viktigt för att göra din vistelse i Bonito så minnesvärd som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis oktober och september, med en medeltemperatur på 26 °C. De kallaste månaderna är juli och juni, då medeltemperaturen är 21 °C. De blötaste månaderna i Bonito är februari, januari, december och mars, med en genomsnittlig nederbörd på 241 mm per månad.