Att planera för vädret är viktigt för att göra din resa till El Morro så lyckad som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis april och maj, med en medeltemperatur på 27 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är 26 °C. Den årliga nederbörden i El Morro är i genomsnitt 1242 mm.