Vädret är mycket viktigt när du planerar en resa till El Pangui, och mer prisvärda alternativ går ofta att hitta under perioder då vädret inte är lika fint. De varmaste månaderna är vanligtvis september och oktober, med en medeltemperatur på 18 °C. De kallaste månaderna är juli och augusti, då medeltemperaturen är 17 °C. De blötaste månaderna i El Pangui är mars, februari, januari och april, med en genomsnittlig nederbörd på 314 mm per månad.