Vädret spelar stor roll när du planerar en resa till Fish River Canyon, och de billigare alternativen hittar du ofta under perioder då vädret inte är lika bra. De varmaste månaderna är vanligtvis januari och februari, med en medeltemperatur på 25 °C. De kallaste månaderna är juli och juni, då medeltemperaturen är 15 °C. Den årliga nederbörden i Fish River Canyon är i genomsnitt 85 mm.