Vädret i Flateyri kan vara bra att kolla upp om du vill maximera tiden vid poolen under din vistelse. De varmaste månaderna är vanligtvis juli och augusti, med en medeltemperatur på 7 °C. De kallaste månaderna är mars och januari, då medeltemperaturen är -1 °C. Den årliga nederbörden i Flateyri är i genomsnitt 1244 mm.