Vädret spelar stor roll när du planerar en resa till Gruta del Palacio, och mer prisvärda alternativ går ofta att hitta under perioder då vädret inte är lika fint. De varmaste månaderna är vanligtvis januari och februari, med en medeltemperatur på 23 °C. De kallaste månaderna är juli och juni, då medeltemperaturen är 12 °C. Den årliga nederbörden i Gruta del Palacio är i genomsnitt 1463 mm.