Vädret i Guanaja kan vara bra att kolla upp om du vill maximera tiden vid poolen under din vistelse. De varmaste månaderna är vanligtvis september och augusti, med en medeltemperatur på 28 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är 25 °C. De blötaste månaderna i Guanaja är november, oktober, december och januari, med en genomsnittlig nederbörd på 287 mm per månad.