Vädret i Guatavita är viktigt att tänka på. Framför allt om du har planer på att tillbringa semestern vid poolen. De varmaste månaderna är vanligtvis september och januari, med en medeltemperatur på 13 °C. De kallaste månaderna är augusti och september, då medeltemperaturen är 13 °C. De blötaste månaderna i Guatavita är april, november, mars och maj, med en genomsnittlig nederbörd på 300 mm per månad.