Att planera för vädret är viktigt för att göra din vistelse i Heiligenhafen så lyckad som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis augusti och juli, med en medeltemperatur på 17 °C. De kallaste månaderna är februari och januari, då medeltemperaturen är 3 °C. Den årliga nederbörden i Heiligenhafen är i genomsnitt 818 mm.