Vädret är mycket viktigt när du planerar en resa till Jēkabpils, och mer prisvärda alternativ går ofta att hitta under perioder då vädret inte är lika fint. De varmaste månaderna är vanligtvis juli och augusti, med en medeltemperatur på 16 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är -3 °C. Jēkabpils ser mest snöfall i december, november, januari och februari, med ett genomsnitt på 32 cm snö per månad.