Vädret är mycket viktigt när du planerar en resa till Juan Esteban, och mer prisvärda alternativ går ofta att hitta under perioder då vädret inte är lika fint. De varmaste månaderna är vanligtvis augusti och september, med en medeltemperatur på 27 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är 25 °C. Den årliga nederbörden i Juan Esteban är i genomsnitt 545 mm.