Vädret är mycket viktigt när du planerar en resa till Kamisuwa Onsen, och mer prisvärda alternativ går ofta att hitta under perioder då vädret inte är lika fint. De varmaste månaderna är vanligtvis augusti och juli, med en medeltemperatur på 19 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är -1 °C. De blötaste månaderna i Kamisuwa Onsen är juli, oktober, september och juni, med en genomsnittlig nederbörd på 203 mm per månad.