Att planera för vädret är viktigt för att göra din vistelse i Kanayannur så minnesvärd som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis mars och april, med en medeltemperatur på 28 °C. De kallaste månaderna är januari och december, då medeltemperaturen är 27 °C. De blötaste månaderna i Kanayannur är juni, juli, augusti och maj, med en genomsnittlig nederbörd på 593 mm per månad.