Att planera för vädret är viktigt för att göra din resa till Labuan så lyckad som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis maj och juni, med en medeltemperatur på 27 °C. De kallaste månaderna är februari och januari, då medeltemperaturen är 26 °C. De blötaste månaderna i Labuan är november, december, januari och oktober, med en genomsnittlig nederbörd på 288 mm per månad.