Vädret spelar stor roll när du planerar en resa till Makuyuni, och de billigare alternativen hittar du ofta under perioder då vädret inte är lika bra. De varmaste månaderna är vanligtvis februari och mars, med en medeltemperatur på 22 °C. De kallaste månaderna är juli och juni, då medeltemperaturen är 18 °C. Den årliga nederbörden i Makuyuni är i genomsnitt 628 mm.