Vädret är mycket viktigt när du planerar en resa till Mannar, och mer prisvärda alternativ går ofta att hitta under perioder då vädret inte är lika fint. De varmaste månaderna är vanligtvis april och maj, med en medeltemperatur på 29 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är 26 °C. De blötaste månaderna i Mannar är november, oktober, december och maj, med en genomsnittlig nederbörd på 234 mm per månad.