Vädret spelar stor roll när du planerar en resa till Manyara, och mer prisvärda alternativ går ofta att hitta under perioder då vädret inte är lika fint. De varmaste månaderna är vanligtvis februari och mars, med en medeltemperatur på 22 °C. De kallaste månaderna är juli och juni, då medeltemperaturen är 18 °C. Den årliga nederbörden i Manyara är i genomsnitt 628 mm.