Att planera för vädret är viktigt för att göra din vistelse i Masaka så lyckad som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis februari och januari, med en medeltemperatur på 22 °C. De kallaste månaderna är juni och maj, då medeltemperaturen är 21 °C. Den årliga nederbörden i Masaka är i genomsnitt 1264 mm.