Att planera för vädret är viktigt för att göra din resa till Milos så minnesvärd som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis augusti och juli, med en medeltemperatur på 25 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är 14 °C. Den årliga nederbörden i Milos är i genomsnitt 432 mm.