Vädret spelar stor roll när du planerar en resa till Moyobamba, och mer prisvärda alternativ går ofta att hitta under perioder då vädret inte är lika fint. De varmaste månaderna är vanligtvis september och oktober, med en medeltemperatur på 21 °C. De kallaste månaderna är juli och juni, då medeltemperaturen är 20 °C. De blötaste månaderna i Moyobamba är mars, april, februari och december, med en genomsnittlig nederbörd på 324 mm per månad.