Att planera för vädret är viktigt för att göra din resa till Ngapali så minnesvärd som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis april och maj, med en medeltemperatur på 26 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är 23 °C. De blötaste månaderna i Ngapali är juli, juni, augusti och september, med en genomsnittlig nederbörd på 789 mm per månad.