Att planera för vädret är viktigt för att göra din vistelse i Niseko så lyckad som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis augusti och juli, med en medeltemperatur på 18 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är -4 °C. Niseko ser mest snöfall i januari, februari, mars och december, med ett genomsnitt på 77 cm snö per månad.