Vädret är mycket viktigt när du planerar en resa till Padre Cocha, och de billigare alternativen hittar du ofta under perioder då vädret inte är lika bra. De varmaste månaderna är vanligtvis september och oktober, med en medeltemperatur på 26 °C. De kallaste månaderna är juli och juni, då medeltemperaturen är 25 °C. De blötaste månaderna i Padre Cocha är mars, april, januari och december, med en genomsnittlig nederbörd på 352 mm per månad.