Att planera för vädret är viktigt för att göra din vistelse i Pekalongan så lyckad som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis oktober och maj, med en medeltemperatur på 28 °C. De kallaste månaderna är augusti och juli, då medeltemperaturen är 27 °C. De blötaste månaderna i Pekalongan är februari, januari, december och mars, med en genomsnittlig nederbörd på 453 mm per månad.