Vädret spelar stor roll när du planerar en resa till Prilep, och de billigare alternativen hittar du ofta under perioder då vädret inte är lika bra. De varmaste månaderna är vanligtvis augusti och juli, med en medeltemperatur på 21 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är 3 °C. Den årliga nederbörden i Prilep är i genomsnitt 592 mm.