Vädret är mycket viktigt när du planerar en resa till Puerto Leguízamo, och mer prisvärda alternativ går ofta att hitta under perioder då vädret inte är lika fint. De varmaste månaderna är vanligtvis september och oktober, med en medeltemperatur på 25 °C. De kallaste månaderna är juli och juni, då medeltemperaturen är 24 °C. De blötaste månaderna i Puerto Leguízamo är mars, juni, maj och april, med en genomsnittlig nederbörd på 411 mm per månad.