Att planera för vädret är viktigt för att göra din vistelse i Pulau Perhentian Kecil så lyckad som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis maj och juni, med en medeltemperatur på 28 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är 26 °C. De blötaste månaderna i Pulau Perhentian Kecil är december, november, januari och oktober, med en genomsnittlig nederbörd på 479 mm per månad.