Att planera för vädret är viktigt för att göra din resa till Samborondon så lyckad som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis november och oktober, med en medeltemperatur på 25 °C. De kallaste månaderna är augusti och september, då medeltemperaturen är 24 °C. De blötaste månaderna i Samborondon är mars, april, februari och maj, med en genomsnittlig nederbörd på 558 mm per månad.