Vädret spelar stor roll när du planerar en resa till Samosir, och mer prisvärda alternativ går ofta att hitta under perioder då vädret inte är lika fint. De varmaste månaderna är vanligtvis juni och juli, med en medeltemperatur på 24 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är 23 °C. De blötaste månaderna i Samosir är november, december, oktober och september, med en genomsnittlig nederbörd på 420 mm per månad.