Vädret spelar stor roll när du planerar en resa till San Ignacio, och mer prisvärda alternativ går ofta att hitta under perioder då vädret inte är lika fint. De varmaste månaderna är vanligtvis april och mars, med en medeltemperatur på 25 °C. De kallaste månaderna är januari och december, då medeltemperaturen är 23 °C. De blötaste månaderna i San Ignacio är juni, september, maj och oktober, med en genomsnittlig nederbörd på 257 mm per månad.