Att planera för vädret är viktigt för att göra din vistelse i São Gonçalo do Amarante så lyckad som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis oktober och november, med en medeltemperatur på 27 °C. De kallaste månaderna är juli och augusti, då medeltemperaturen är 26 °C. De blötaste månaderna i São Gonçalo do Amarante är april, mars, februari och maj, med en genomsnittlig nederbörd på 193 mm per månad.