Vädret spelar stor roll när du planerar en resa till São Nicolau, och de billigare alternativen hittar du ofta under perioder då vädret inte är lika bra. De varmaste månaderna är vanligtvis augusti och juli, med en medeltemperatur på 22 °C. De kallaste månaderna är januari och februari, då medeltemperaturen är 11 °C. Den årliga nederbörden i São Nicolau är i genomsnitt 647 mm.