Att planera för vädret är viktigt för att göra din vistelse i Tanjung Pandan så minnesvärd som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis maj och september, med en medeltemperatur på 28 °C. De kallaste månaderna är september och juli, då medeltemperaturen är 27 °C. De blötaste månaderna i Tanjung Pandan är november, december, april och maj, med en genomsnittlig nederbörd på 340 mm per månad.