Att planera för vädret är viktigt för att göra din resa till Tsukioka Onsen så minnesvärd som möjligt. De varmaste månaderna är vanligtvis augusti och juli, med en medeltemperatur på 23 °C. De kallaste månaderna är februari och januari, då medeltemperaturen är 3 °C. De blötaste månaderna i Tsukioka Onsen är juli, december, januari och augusti, med en genomsnittlig nederbörd på 257 mm per månad.