Vädret är mycket viktigt när du planerar en resa till Fernando de Noronha, och mer prisvärda alternativ går ofta att hitta under perioder då vädret inte är lika fint. De varmaste månaderna är vanligtvis april och maj, med en medeltemperatur på 27 °C. De kallaste månaderna är augusti och september, då medeltemperaturen är 26 °C. De blötaste månaderna i Fernando de Noronha är april, mars, maj och juni, med en genomsnittlig nederbörd på 252 mm per månad.